Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:fetching_raw_data [2026/05/28 12:22] – [Introduction] foisys | fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:fetching_raw_data [2026/05/28 14:52] (Version actuelle) – [Introduction] foisys | ||
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| Ligne 6: | Ligne 6: | ||
| * Dans un premier temps, il nous faut obtenir les fichiers source FASTQ bruts, qu'ils proviennent d'une plateforme de séquençage ou bien d'une base de données. Comment les organisés de manière optimale? Dans le cas précis de notre projet, on a diverses lignées cellulaires humaines qui nous servent à observer les changements de l' | * Dans un premier temps, il nous faut obtenir les fichiers source FASTQ bruts, qu'ils proviennent d'une plateforme de séquençage ou bien d'une base de données. Comment les organisés de manière optimale? Dans le cas précis de notre projet, on a diverses lignées cellulaires humaines qui nous servent à observer les changements de l' | ||
| * De plus, plusieurs personnes dans un projet pourraient avoir un besoin de lire les informations contenues dans ces fichiers. Il est alors nécessaire de les mettre dans un endroit du système de fichiers accessible à tous mais en les protégeant en modifiant les permissions afin qu'ils soient accessibles en lecture mais ne peuvent être éditer. Un autre point: on ne veut pas que personne d' | * De plus, plusieurs personnes dans un projet pourraient avoir un besoin de lire les informations contenues dans ces fichiers. Il est alors nécessaire de les mettre dans un endroit du système de fichiers accessible à tous mais en les protégeant en modifiant les permissions afin qu'ils soient accessibles en lecture mais ne peuvent être éditer. Un autre point: on ne veut pas que personne d' | ||
| - | * Une idée sur la marche à suivre: | + | * Une idée sur la marche à suivre: |
| - | * Nous avons construit les fichiers index sous ''/ | + | |
| <sxh bash> | <sxh bash> | ||
| % mkdir / | % mkdir / | ||
| + | % mkdir / | ||
| </ | </ | ||
| + | * Nous savons (en lisant le papier associé) que les lignées ont subit l'un des traitements suivant: DMSO comme contrôle, albuterol, dexaméthasone ou albuterol+dexaméthasone. On crée alors une hiérarchie avec cette information: | ||
| + | <sxh bash> | ||
| + | % cd / | ||
| + | % mkdir dmso | ||
| + | % mkdir alb | ||
| + | % mkdir dexa | ||
| + | % mkdir alb_dexa | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | * Permissions: | ||
| + | |||
| + | * Dans le cas de l' | ||
| + | <sxh bash> | ||
| + | # On reste générique car le repertoire peut contenir | ||
| + | # autre chose que des projets de transcriptomique... | ||
| + | % mkdir $HOME/ | ||
| + | % mkdir $HOME/ | ||
| + | % cp -r / | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | * Plus à venir... | ||