Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:fetching_raw_data [2026/06/28 14:17] – [Protocole - Téléchargement simple] foisys
+++ fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:fetching_raw_data [2026/06/30 08:00] (Version actuelle) – [Obtention des données] foisys
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 Pour commencer, il nous faut une liste des fichiers à télécharger à partir d'un serveur distant. Pour notre projet, les auteurs nous disent que les infos se trouvent sur //Gene Expression Omnibus// sous l'identificateur GSE52778. En inspectant cette page, on voit que les données de séquences brutes se trouvent dans le site //Sequence Read Archive//  avec l'identificateur SRP033351. On y est presque! En allant sur le [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study|site de la page de sélection des données du SRA]], on fait une recherche avec cet identificateur et on tombe sur la page contenant l'information que nous cherchons!! Dans le panneau //Select//, on voit deux boutons: Metadata ou bien Accession List; cliquer sur Metadata pour obtenir un fichier CSV plus informatif, ''SraRunTable.csv'', qui nous servira pour la suite. Allez mettre ce fichier dans l'arborescence de votre serveur; par ex., créer un répertoire appelé ''z.misc.files'' sous ''/shares/data/rnaseq/airways''.
-  * La suite: plus à venir...
+  * La suite: [[qc_pre_filter|Analyse de la qualité des séquences brutes obtenues]]
 ===== Protocole - Pour commencer =====
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        uid = i["Run"]
        cell = i["cell_line"]
-       nameF = treat+"_"+cell+"_"+uid
+       #
+       # On veut une combinaison unique qui permettrait d'identifier
+       # cet échantillon pour ensuite réutiliser dans les scripts à
+       # venir...
+       #
+       nameF = treat+"_"+cell
        #*********************
        # Téléchargement