Différences
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| Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs|outils de séquençage de nouvelle génération]] et les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Transcriptomique|outils d'analyse transcriptomique]]. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme [[https://docs.alliancecan.ca/wiki/Rorqual|Rorqual à Calcul-Québec]] pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, et pour cette démonstration, nous utilisons une grappe Super Clafoutis [[..:..:..:..:install:clafoutis:ubuntu_cluster_install|tel que décrite sur ce site]]. Dans un cas comme dans l'autre, nous utilisons le [[https://slurm.schedmd.com/documentation.html|système de contrôle des tâches SLURM]] dans les exemples qui suivront. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir. | Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs|outils de séquençage de nouvelle génération]] et les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Transcriptomique|outils d'analyse transcriptomique]]. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme [[https://docs.alliancecan.ca/wiki/Rorqual|Rorqual à Calcul-Québec]] pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, et pour cette démonstration, nous utilisons une grappe Super Clafoutis [[..:..:..:..:install:clafoutis:ubuntu_cluster_install|tel que décrite sur ce site]]. Dans un cas comme dans l'autre, nous utilisons le [[https://slurm.schedmd.com/documentation.html|système de contrôle des tâches SLURM]] dans les exemples qui suivront. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir. |
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| Première étape: [[0.tree_structure|Construire les arborescences nécessaires pour construire les index pour les outils d'alignement ainsi que pour le projet lui-même.]] | Première étape: [[tree_structure|Créer les arborescences nécessaires pour construire les index pour les outils d'alignement ainsi que pour le projet lui-même.]] |
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