Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:artemis_1820 [2025/05/15 14:43] – créée foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:artemis_1820 [2025/05/15 14:44] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
Ligne 1: Ligne 1:
 +====== Installation de Artemis 18.2.0 ======
 +
 +===== Librairies additionnelles =====
 +
 +Java, déjà installé si vous avez [[:fr:install:dev_app_select|suivi cette recette]]. Depuis cette nouvelle version d'Artemis, il existe une dépendance stricte à une version de Java supérieure à Java 8.
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +Voici la procédure suivi pour l'installation des outils d'Artemis:
 +
 +  * Il faut télécharger l'archive du site web et la décompresser sous ''/opt/bio/sources''. Vous trouverez un dossier nommé ''artemis''.
 +
 +<sxh bash> 
 +% cd /opt/bio/sources 
 +% sudo curl -L -O https://github.com/sanger-pathogens/Artemis/releases/download/v18.2.0/artemis-unix-release-18.2.0.tar.gz
 +% sudo tar -zxvf artemis-unix-release-18.2.0.tar.gz 
 +% sudo rm -rf artemis-unix-release-18.2.0.tar.gz 
 +</sxh>
 +
 +  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
 +
 +<sxh bash> 
 +% sudo chown -R root:root ./artemis 
 +% sudo chmod 755 ./artemis 
 +</sxh>
 +
 +  * Il reste à rendre les outils d'Artemis disponible pour tous en éditant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant à la toute fin les lignes suivantes:
 +
 +<sxh bash> 
 +
 +# Artemis specific environment variables 
 +
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/artemis </sxh>
 +
 +  * Artemis devient accessible simplement avec la commande suivante:
 +
 +<sxh bash> 
 +% art 
 +</sxh>
 +
 +  * Pour ajouter les outils d'Artemis dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
 +      * Plus à venir…