Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bioc_321 [2023/06/20 17:27] – créée - modification externe 127.0.0.1
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bioc_321 [2025/05/22 16:18] (Version actuelle) – [Procédure de l'installation Bioconductor minimale] foisys
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+====== Installation de Bioconductor 3.21 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+  * Aucune librairie au niveau système n'est nécessaire.
+  * Au niveau de R, il s'occupe de tout ;-)
+===== Procédure de l'installation Bioconductor minimale =====
+Bioconductor étant dépendant de R, assurez-vous de l'avoir [[..:r|installé]]! La version 3.21 de BioConductor est faite pour fonctionner avec la version 4.5 de R.
+==== Méthode 1: via la console R ====
+  * Comme on installe à partir de R, ouvrez une session R. L'utilisation du ''sudo'' est nécessaire car nous voulons faire l'installation à l'échelle du système et non seulement de l'utilisateur ''bioubuntu''.
+<sxh bash>
+% sudo R
+</sxh>
+  * Via le package ''BiocManager'', qui fera une installation Bioconductor minimale. Donc, toujours dans la console R:
+<sxh>
+> install.packages("BiocManager")
+> library(BiocManager)
+> BiocManager::install()
+</sxh>
+  * Prendre note que la méthode ''biocLite()'' est maintenant obsolète; elle disparaitrera sûrement dans le futur...
+==== Méthode 2: via le shell ====
+  * On peut aussi installé la version de base de BioConductor via le shell de l'ordi avec cette simple commande:
+<sxh bash>
+% sudo /opt/bio/sources/R-4.2.1/bin/R -e "install.packages('BiocManager',repos='https://muug.ca/mirror/cran/');library(BiocManager);BiocManager::install()"
+</sxh>
+  * Il est nécessaire d'entrer le ''PATH''  au complet car l'usager ''root''  ne voit pas le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''.
+===== Procédure pour installer un package Bioconductor =====
+  * Une fois dans R, on utilise une variante de l'installation minimale:
+<sxh>
+> library(BiocManager)
+> BiocManager::install("monPackage")
+</sxh>
+  * Notez cependant que certains package Bioconductor pourraient demandé l'installation de packages systèmes supplémentaire. Si l'installation échoue, regardez les messages d"erreurs pour vérifier...