Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hisat2_221 [2025/08/20 09:27] – [Procédure] foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hisat2_221 [2026/02/11 11:11] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
+====== Installation de HISAT 2 2.2.1 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+  * Pour assurer la bonne compilation sur un ordinateur en architecture ARM64, il faut installer les librairies ou applications  suivantes:
+    * ''libsimde-dev''
+    * ''quilt''
+  * Comme on n'utilise pas ''ncbi-ngs'', il est impossible d'accéder aux archives SRA pour extraire des fichiers de séquences.
+===== Procédure =====
+Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source:
+  * Il faut télécharger un package disponible sur le site ''packages.ubuntu.com'' pour obtenir les //patches// logicielles pour une compilation dans une architecture ARM64 (l'application de ses patches n'affectera pas la compilation dans un environnement x86_64):
+<sxh bash>
+# Dans votre compte:
+% curl -L -O http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/h/hisat2/hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
+% tar -xf hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
+# Et vous devriez voir un répertoire appelé Debian :-)
+</sxh>
+  * Sous ''/opt/bio/sources'', l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -o hisat2-2.2.1.tar.gz https://github.com/DaehwanKimLab/hisat2/archive/refs/tags/v2.2.1.tar.gz
+% sudo unzip hisat2-2.2.1.tar.gz
+% sudo rm hisat2-2.2.1.tar.gz
+</sxh>
+  * Si vous compilez sur ARM64, vous devez ensuite copier le répertoire ''patches'' du dossier ''debian'' qui se trouve dans votre répertoire:
+<sxh bash>
+% sudo cp -r ~/debian/patches ./hisat2-2.2.1
+</sxh>
+  * Si vous compilez sur ARM64, vous devez corriger les fichiers nécessaires en utilisant les informations contenues dans le dossier ''patches'':
+<sxh bash>
+% cd hisat2-2.2.1
+% sudo quilt push -a
+</sxh>
+  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ../hisat2-2.2.1
+% sudo chmod 755 ../hisat2-2.2.1
+</sxh>
+  * La compilation se fait simplement:
+<sxh bash>
+% sudo make
+</sxh>
+  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire ''bin'' dans ''hisat2-2.2.1'', créer un lien symbolique pour les nouvelles applications crées:
+<sxh bash>
+% sudo mkdir ./bin
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2 /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-l
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-s
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-l
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-s
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-l
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-s
+</sxh>
+  * Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''
+<sxh bash>
+#
+# HISAT 2 specific environment variable
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin
+</sxh>