Différences

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:imagej_2160 [2025/05/20 17:58] – [Procédure] foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:imagej_2160 [2025/05/20 18:01] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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 +====== Installation de ImageJ 2.16 ======
 +
 +===== Librairies additionnelles ===== 
 +
 +  * Le fichier téléchargé vient avec son propre JRE, donc rien de plus à installer.
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +**Note **: Fiji contient l'ensemble des librairies et modules compatibles pour ImageJ et il est possible que certains d'entres eux ne soient pas compatibles sous ''aarch64''…
 +
 +Voici la procédure suivi pour l'installation de ImageJ:
 +
 +  * Nouveauté: Fiji est l'application contenant ImageJ et avec presque tous les modules externes existants. Télécharger l'archive de Fiji à partir du site Web et décompresser la; vous obtiendrez un répertoire appelé Fiji.app
 +
 +<sxh bash> 
 +% cd /opt/bio/sources 
 +% sudo curl -L -O https://downloads.imagej.net/fiji/stable/fiji-stable-portable-nojava.zip 
 +% sudo unzip fiji-stable-portable-nojava.zip 
 +% sudo rm fiji-stable-portable-nojava.zip 
 +</sxh>
 +
 +  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
 +
 +<sxh bash> 
 +% sudo chown -R root:root ./Fiji.app 
 +% sudo chmod 755 ./Fiji.app 
 +</sxh>
 +
 +  * ImageJ est démarré via dans un script shell portant le nom de ''fiji''; ce script s'occupe de l'auto-détection de la plateforme pour initialiser ImageJ.
 +
 +  * Finalement, éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:
 +
 +<sxh bash> 
 +# 
 +# ImageJ specific environment variable 
 +# 
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Fiji.app 
 +</sxh>
 +
 +  * ImageJ possède une fonction de mise à jour interne qui se trouve sous le menu **Help**. Pour réussir une mise à jour, il faut invoquer la commande ''fiji''  avec le ''sudo'':
 +
 +<sxh bash> 
 +# Juste faire ça la 1ere fois :-)
 +% xhost si:localuser:root 
 +% sudo /opt/bio/sources/Fiji.app/fiji 
 +# Faites les mises à jour :-) </sxh>
 +
 +  * Pour ajouter ImageJ dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
 +      * Plus à venir…
 +