Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jellyfish_231 [2021/07/02 14:27] – créée - modification externe 127.0.0.1
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:jellyfish_231 [2025/05/19 07:34] (Version actuelle) – foisys
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+====== Installation de Jellyfish 2.3.1 ======
+===== Libraries additionnelles =====
+Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.
+===== Procédure =====
+  * Il faut aller chercher le code source sur GitHub:
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -O https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.3.1/jellyfish-2.3.1.tar.gz
+% sudo tar -zxvf jellyfish-2.3.1.tar.gz
+% sudo rm -rf jellyfish-2.3.1.tar.gz
+</sxh>
+  * Il faut s'assurer que le répertoire ''jellyfish-2.3.1'' appartient à ''root'' avec les bonnes permissions:
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./jellyfish-2.3.1
+% sudo chmod 755 ./jellyfish-2.3.1
+</sxh>
+  * On procède à la compilation grâce au ballet habituel:
+<sxh bash>
+% cd jellyfish-2.3.1
+% sudo ./configure --prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
+</sxh>
+  * Pour accéder au programme, on modifie le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y ajouter les lignes suivantes:
+<sxh bash>
+#
+# Bedtools specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/jellyfish-2.3.1/bin
+</sxh>