Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:picard_340 [2023/06/21 15:32] – créée - modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:picard_340 [2025/05/15 16:38] (Version actuelle) – foisys
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 +====== Installation de Picard 3.0 ======
  
 +===== Libraries =====
 +
 +  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire à part Java, déjà installé.
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +  * On doit se créer un nid sous ''/opt/bio/sources'' et on va chercher l'archive JAR sur GitHub:
 +<sxh bash>
 +% cd /opt/bio/sources
 +% sudo mkdir picard-3.4.0
 +% cd picard-3.4.0
 +% sudo curl -L -O https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/3.4.0/picard.jar
 +</sxh>
 +
 +  * Pas besoin de spécifier que tout appartient à ''root'' car c'est déjà le cas via la commande ''sudo''
 +
 +  * On crée un petit script bash qui facilitera notre existence:
 +<sxh>
 +% sudo nano ./runPicard
 +</sxh>
 +
 +  * On y met le texte suivant:
 +<sxh bash>
 +#!/bin/bash
 +java -jar /opt/bio/sources/picard-3.4.0/picard.jar $@
 +</sxh> 
 +
 +  * Il faut rendre ce script executable:
 +<sxh>
 +% sudo chmod +x ./runPicard
 +</sxh>
 +
 +  * Les étapes précédentes rendent l'utilisation de Picard un peu plus facile: il n'est plus nécessaire de taper la commande java complète, seulement le nom du programme Picard désiré et les paramètres et fichiers d'utilisation.
 + 
 +  * On termine en modifiant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:
 +<sxh bash>
 +#
 +# Picard specific environment variables
 +#
 +export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/picard-3.4.0
 +</sxh>