Différences

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:prokka_1145 [2021/07/02 14:14] – créée - modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:prokka_1145 [2025/05/15 16:51] (Version actuelle) – [Libraries] foisys
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 +====== Installation de Prokka 1.14.5 ======
  
 +===== Libraries =====
 +
 +  * Pour faire fonctionner Prokka, il faut s'assurer d'avoir installer la librairie BioPerl, ce qui devrait avoir été fait dans une [[fr:install:dev_app_select|installation Impilo]]. Il vous faut ajouter les librairies suivantes:
 +    * ''libdatetime-perl'' 
 +    * ''libxml-simple-perl'' 
 +    * ''libdigest-md5-perl''
 +
 +<sxh bash>
 +% sudo apt-get install libdatetime-perl libxml-simple-perl libdigest-md5-perl
 +</sxh>
 +===== Procédure =====
 +
 +  * Le fonctionnement de Prokka dépend de la présence d'un certain nombre d'applications:
 +    * Absolument nécessaires:
 +      * BioPerl (voir ci-dessus)
 +      * BLAST+ (sur Impilo, [[fr:install:bin_app_repository:blast|devrait être déjà installé]])
 +      * [[fr:install:bin_app_repository:prodigal|Prodigal]] (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
 +      * TBL2ASN (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
 +    * Souhaitables:
 +      * Aragorn (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
 +      * [[fr:install:bin_app_repository:barrnap|Barrnap]]
 +      * HMMER3 (fourni par l'application sous ''./binaries/linux'')
 +    * Facultatives:
 +      * MinCED (fourni par l'application sous ''./binaries/common'')
 +      * SignalP (voir [[http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/nph-sw_request?signalp|ce site]]; si ça vous intéresse, demandez-le!)
 +      * [[fr:install:bin_app_repository:infernal|Infernal]] (si vous n'avez pas encore installé [[fr:install:bin_app_repository:trnascan|tRNASCAN-SE]], c'est le temps!)
 +
 +  * Avant de poursuivre, il faut donc vous assurer d'avoir installé toutes ces applications en place.
 +
 +  * Une fois cela complété, il vous faut faire les opérations suivantes:
 +<sxh bash>
 +% cd /opt/bio/sources
 +% sudo curl -L -o prokka-1.14.5.tar.gz https://github.com/tseemann/prokka/archive/v1.14.5.tar.gz
 +% sudo tar -zxvf prokka-1.14.5.tar.gz
 +% sudo rm prokka-1.14.5.tar.gz
 +</sxh>
 +
 +  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
 +<sxh bash>
 +% sudo chown -R root:root ./prokka-1.14.5
 +% sudo chmod -R 755 ./prokka-1.14.5
 +</sxh>
 +
 +  * On termine en modifiant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y mettre à la fin les infos sur la position des applications:
 +<sxh bash>
 +#
 +# Prokka specific environment variables
 +#
 +export PATH=:$PATH:/opt/bio/sources/prokka-1.14.5/bin
 +</sxh>