Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:samtools_121 [2025/02/03 13:02] – créée - modification externe 127.0.0.1
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:samtools_121 [2025/05/15 16:44] (Version actuelle) – foisys
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+====== Instruction d'installation de SAMtools 1.21 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:
+  * ''libncurses-dev''
+  * ''libbz2-dev''
+<sxh bash>
+% sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev
+</sxh>
+===== Procédure =====
+Pour installer SAMtools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:
+  * L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous ''/opt/bio/sources'':
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -O https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.21/samtools-1.21.tar.bz2
+% sudo tar -jxvf samtools-1.21.tar.bz2
+% sudo rm -rf samtools-1.21.tar.bz2
+</sxh>
+  * On s'assure que le répertoire ''samtools-1.21''  appartient à ''root''  et que ces permissions sont à ''755'':
+<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./samtools-1.21
+% sudo chmod 755 ./samtools-1.21 </sxh>
+  * Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:
+<sxh bash>
+% cd ./samtools-1.21
+% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
+% cd ./htslib-1.21
+% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
+</sxh>
+  * Pour rendre ''samtools''  et les utilitaires de ''htslib''  disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:
+<sxh bash>
+#
+# SAMTools specific environment variable
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/bin
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/htslib-1.21/bin
+</sxh>