Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:sratoolkit_321 [2025/05/15 16:13] – foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:sratoolkit_321 [2026/04/26 16:50] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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 +====== Instruction d'installation de SRA Tools 3.2.1 ======
 +
 +===== Librairies additionnelles =====
 +
 +Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:
 +
 +  * ''flex''
 +  * ''bison''
 +  * ''cmake''
 +  * ''doxygen''
 +  * ''git''
 +  * ''libxml2-dev''
 +
 +<sxh bash> 
 +% sudo apt install -y bison cmake flex git lbxml2-dev 
 +</sxh>
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +Pour installer SRA Tools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:
 +
 +  * On doit passer par Github pour obtenir les deux répertoires de code source nécessaire:
 +<sxh bash>
 +#
 +# O ose place dans /opt/bio/sources
 +#
 +% sudo curl -L -o ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/ncbi-vdb/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz
 +% sudo curl -L -o sra-tools-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/sra-tools/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz
 +</sxh>
 +
 +  * On décompresse les deux archives téléchargées:
 +<sxh bash>
 +% sudo tar -zxvf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz
 +% sudo rm -rf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz
 +% sudo tar -zxvf src-tools-3.2.1.tar.gz
 +% sudo rm -rf sra-tools-3.2.1.tar.gz
 +</sxh>
 +  * On s'assure que ces répertoires appartiennent à ''root'' et que les permissions sont à ''755'':
 +<sxh bash>
 +% sudo chown -R root:root ./ncbi-vdb-3.2.1
 +% sudo chmod 755 ./ncbi-vdb-vdb-3.2.1
 +% sudo chown -R root:root ./sra-tools-3.2.1
 +% sudo chmod 755 ./sra-tools-3.2.1
 +</sxh>
 +
 +  * On commence par ''ncbi-vdb''... On suit la valse classique:
 +<sxh bash> 
 +% cd ./ncbi-vdb-3.2.1
 +% sudo ./configure --prefix=`pwd` --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
 +</sxh>
 +
 +  * Ensuite avec SRA Tools, c'est pas mal pareil:
 +<sxh bash>
 +% cd ../sra-tools-3.2.1
 +% sudo ./configure --prefix=`pwd` --with-ncbi-vdb-prefix=/opt/bio/sources/ncbi-vdb-3.2.1 --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
 +</sxh>
 +
 +  * Pour rendre les utilitaires ''sra-tools'', il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:
 +<sxh bash> 
 +# 
 +# SAMTools specific environment variable 
 +# 
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/sra-tools-3.2.1/bin 
 +</sxh>