Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trnascan_2012 [2025/05/15 15:15] – créée foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trnascan_2012 [2026/04/30 16:45] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
Ligne 1: Ligne 1:
 +====== Installation de tRNAscan-SE 2.0.12 ======
 +
 +===== Librairies additionnelles =====
 +
 +Aucune librairie additionnelle est nécessaires. Cependant, il vous faudra avoir installer [[fr:install:bin_app_repository:infernal|Infernal]] pour ne pas avoir d'erreur dans l'exécution...
 +
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +Voici la procédure suivi pour l'installation de tRNAscan-SE à partir du code source:
 +
 +  * Il faut aller chercher l'archive du code source et compiler l'application sous ''/opt/bio/sources''.
 +<sxh bash>
 +% cd /opt/bio/sources
 +% sudo curl -L -O http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.12.tar.gz
 +% sudo tar -zxvf trnascan-se-2.0.12.tar.gz
 +% sudo rm -rf trnascan-se-2.0.12.tar.gz
 +</sxh>
 +
 +  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
 +<sxh bash>
 +% sudo chown -R root:root ./tRNAscan-SE-2.0.12
 +% sudo chmod -R 755 ./tRNAscan-SE-2.0.12
 +</sxh>
 +
 +  * Il semble que certaines erreurs se soit glissées dans la création de l'archive pour la distribution: le répertoire ''lib/tRNAscanSE'' n'est pas lisible pour tous, ce qui posera des problèmes lors de l'exécution du script. Donc, corrigeons:
 +
 +<sxh bash>
 +% cd ./tRNAscan-SE-2.0.12
 +% sudo chmod o+x ./lib/tRNAscanSE
 +</sxh>
 +
 +
 +  * La compilation se fait facilement en remontant d'un niveau, avec les commandes usuelles:
 +<sxh bash>
 +% sudo ./configure --prefix=`pwd` && sudo make
 +</sxh>
 +
 +  * On deux bugs à régler: un dans le script ''tRNAscan-SE'' où le chemin pour se rendre aux librairies qui sont sous ''./lib/tRNAScanSE'' est mal écrit et dans ''tRNAScan-SE.conf'' où on a aussi un problème de chemin pour se rendre aux fichiers de modèles de gènes...
 +
 +<sxh bash>
 +% sudo nano ./tRNAscan-SE
 +# Il faut changer la ligne 23:
 +use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib/tRNAscan-SE";
 +# Pour cette ligne:
 +use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib";
 +% sudo nano ./tRNAscan-SE.conf
 +# Il faut changer la ligne 6:
 +lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib/tRNAscan-SE;
 +# Pour cette ligne:
 +lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib;
 +</sxh>
 +
 +  * On a un dernier problème avec ''tRNAscan-SE''... C'est en fait un script Perl qui encapsule le fonctionnement des applications qui sont sous ''./bin'' et pourtant il se trouve un niveau plus haut, ce qui n'est pas nécessairement la manière de faire lorsqu'on installe les applications sous ''./bin''. Donc, on crée un lien symbolique dans le répertoire ''./bin'':
 +<sxh bash>
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/tRNAscan-SE /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/bin/tRNAscan-SE 
 +</sxh>
 +
 +  * Il faut faire de même pour le fichier ''tRNAScan-SE.conf'':
 +<sxh bash>
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/tRNAscan-SE.conf /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/bin/tRNAscan-SE.conf 
 +</sxh>
 +
 +  * Il faut finalement modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que la ligne de commande puisse trouver l'application en y ajoutant ces lignes:
 +<sxh bash>
 +#
 +# tRNAscan-SE 2.0 specific environment variables
 +#
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/bin
 +</sxh>