====== Installation de IGV 2.19.7 ======

===== Librairies additionnelles =====

Java, déjà installé si vous avez [[fr:install:dev_app_select|suivi cette recette]]. 

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de IGV:

  * Il faut télécharger l'archive sans Java du site web et la décompresser sous ''/opt/bio/sources''

<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.19/IGV_2.19.7.zip
% sudo unzip IGV_2.19.7.zip
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./IGV_2.19.7
% sudo chmod 755 ./IGV_2.19.7
</sxh>

  * Pour rendre l'application un peu plus conviviale:
<sxh bash>
% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.19.7/igv.sh /opt/bio/source/IGV_2.19.7/runIGV
% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.19.7/igvtools /opt/bio/source/IGV_2.19.7/runIGVTools
% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.19.7/igvtools_gui /opt/bio/source/IGV_2.19.7/runIGVTools_gui
</sxh>

  * Il reste à rendre les outils de IGV disponible pour tous en éditant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant à la toute fin les lignes suivantes:

<sxh bash>
#
# Artemis specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/IGV_2.19.7
</sxh>

  * IGV devient accessible simplement avec la commande suivante:

<sxh bash>
% runIGV
</sxh>

  * Pour ajouter les outils d'Artemis dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
      * Plus à venir…