Installation de IGV 2.19.7

Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette.

Voici la procédure suivi pour l'installation de IGV:

• Il faut télécharger l'archive sans Java du site web et la décompresser sous /opt/bio/sources

% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.19/IGV_2.19.7.zip
% sudo unzip IGV_2.19.7.zip

• Ce dossier devrait appartenir à root. Les permissions de ce dossier devraient être 755.

% sudo chown -R root:root ./IGV_2.19.7
% sudo chmod 755 ./IGV_2.19.7

• Pour rendre l'application un peu plus conviviale:

% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.19.7/igv.sh /opt/bio/source/IGV_2.19.7/runIGV
% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.19.7/igvtools /opt/bio/source/IGV_2.19.7/runIGVTools
% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.19.7/igvtools_gui /opt/bio/source/IGV_2.19.7/runIGVTools_gui

• Il reste à rendre les outils de IGV disponible pour tous en éditant le fichier /etc/profile.d/impilo.sh en y ajoutant à la toute fin les lignes suivantes:

#
# Artemis specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/IGV_2.19.7

• IGV devient accessible simplement avec la commande suivante:

% runIGV

• Pour ajouter les outils d'Artemis dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
  • Plus à venir…