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Mise en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway: analyse de la qualité des séquences brutes
Introduction
Les différentes méthodes de séquençage à haut débit ne sont pas totalement infaillibles dans leur capacité à faire le dit séquençage! Elles sont toutes basées sur des processus qui à divers moments de la méthode, peuvent engendrer des problèmes comme des échantillons de qualité discutable, des erreurs de lecture, des séquences partielles dans l'ensemble d'un fichier (rappel: chaque fichier contient des millions de séquences), etc. Il nous faudra dans une étape subséquente retirer toute donnée de séquence qui pourra perturber les reste de notre analyse; pour établir les critères de filtration, il nous faut regarder le profil de nos données brutes. Quoi utiliser? Dans la communauté, dans le moment, les deux applications les plus utilisées sont FastQC et fastP, qui toutes les deux vont créer des rapports sous la forme de pages web qui permettront de vous donner un aperçu de vos données et qui vous permettront de déterminer les meilleurs critères de filtration dans l'étape suivante.
Protocole
- Plus à venir…