http://www.diploide.net/ 2026-07-17T15:06:17+00:00 http://www.diploide.net/ http://www.diploide.net/lib/exe/fetch.php?media=wiki:logo.png text/html 2026-07-14T22:11:00+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:qc_pre_filter&rev=1784067060&do=diff Mise en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway: analyse de la qualité des séquences brutes Introduction Les différentes méthodes de séquençage à haut débit ne sont pas totalement infaillibles dans leur capacité à faire le dit séquençage! Elles sont toutes basées sur des processus qui à divers moments de la méthode, peuvent engendrer des problèmes comme des échantillons de qualité discutable, des erreurs de lecture, des séquence… text/html 2026-06-30T19:40:12+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_select&rev=1782848412&do=diff Processus d'installation des applications bio-informatiques retrouvées dans Impilo Impilo a comme but premier de rendre disponible sur un seul serveur le plus grand nombre possible d'applications en bio-informatique tout en associant ces applications à une documentation pertinente pour une utilisation optimale et pour l'enseignement. text/html 2026-06-30T19:39:51+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:igv&rev=1782848391&do=diff Integrated Genome Viewer Introduction Integrated Genome Viewer (IGV) James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz and Jill P. Mesirov, 2011. Integrative Genome Viewer. Nature Biotechnol., 29, pp.24-26.Helga Thorvaldsdóttir, James T. Robinson and Jill P. Mesirov, 2013. text/html 2026-06-30T19:39:40+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:igv_2194&rev=1782848380&do=diff text/html 2026-06-30T19:39:23+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:26_04_a26_build:igv_2197&rev=1782848363&do=diff Installation de IGV 2.19.7 Librairies additionnelles Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette. Procédure Voici la procédure suivi pour l'installation de IGV: * Il faut télécharger l'archive sans Java du site web et la décompresser sous /opt/bio/sources text/html 2026-06-30T19:34:53+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:artemis&rev=1782848093&do=diff Artemis Introduction Artemis Carver T, Berriman M, Tivey A, Patel C, Böhme U, Barrel, B. G., Parkhill, J. & Rajandream, M.A., 2008. Artemis and ACT: viewing, annotating and comparing sequences stored in a relational database.. Bioinformatics, 24, pp.2672-2676. Carver T., Harris S. R., Berriman M., Parkhill J. & McQuillan J. A., 2012. Artemis: an integrated platform for visualization and analysis of high-throughput sequence-based experimental data.. Bioinformatics text/html 2026-06-30T19:34:42+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:artemis_1820&rev=1782848082&do=diff text/html 2026-06-30T19:34:30+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?id=fr:install:bin_app_repository:26_04_a26_build:artemis_1820&rev=1782848070&do=diff Installation de Artemis 18.2.0 Librairies additionnelles Java, déjà installé si vous avez suivi cette recette. Depuis cette nouvelle version d'Artemis, il existe une dépendance stricte à une version de Java supérieure à Java 8. Procédure Voici la procédure suivi pour l'installation des outils d'Artemis: text/html 2026-06-09T19:37:12+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?image=fr%3Ainstall%3Avm_creation%3Avm_creation_adv%3Axubuntu_xtra_disque_4.png&ns=fr%3Ainstall%3Avm_creation%3Avm_creation_adv&rev=1781033832&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="http://www.diploide.net/lib/exe/fetch.php?w=500&amp;h=500&amp;tok=7feb07&amp;media=fr:install:vm_creation:vm_creation_adv:xubuntu_xtra_disque_4.png" alt="xubuntu_xtra_disque_4.png" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2026-06-09T19:37:11+00:00 foisys (foisys@undisclosed.example.com) http://www.diploide.net/doku.php?image=fr%3Ainstall%3Avm_creation%3Avm_creation_adv%3Axubuntu_xtra_disque_3.png&ns=fr%3Ainstall%3Avm_creation%3Avm_creation_adv&rev=1781033831&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img 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